Le musée du site de Zhoukoudian dispose d'une exposition temporaire, d'une exposition de base et d'un théâtre 4D, couvrant des expositions scientifiques interactives, des scènes simulées, des ventes de souvenirs, des services publics et d'autres contenus.

Le premier hall d'exposition présente principalement l'histoire de la découverte et des fouilles du site de Zhoukoudian. L'exposition montre l'importance du site de Zhoukoudian à travers un grand nombre de précieuses photos de l'histoire des fouilles et présente les caractéristiques physiques de « l'homme de Beijing » et sa position dans l'histoire du développement humain. Elle utilise également le multimédia pour reproduire les scènes de fouilles du site de Zhoukoudian dans les années 1980. Les programmes interactifs comprennent l'imagerie du crâne fantôme de « l'Homme de Beijing » et la comparaison des caractéristiques physiques de « l'Homme de Beijing » avec celles de l'homme moderne.

La deuxième salle d'exposition présente principalement la production, la vie et l'environnement de la période de « l'Homme de Beijing ». Elle montre l'environnement naturel de la région de Zhoukoudian il y a 300 000 à 70 000 ans et les activités de production et de vie de « l'Homme de Beijing », comme l'utilisation du feu, la fabrication d'outils en pierre, la cueillette et la chasse.

La troisième salle d'exposition présente les sites fossilifères où ont été découverts les premiers Homo sapiens et les Homo sapiens tardifs et recrée par des scènes le mode de vie productif de l'Homme des cavernes supérieures. Les programmes interactifs comprennent un système de recherche de connaissances sur les fossiles paléontologiques.